Надпис на вътрешната стена над входа в църквата съобщава, че изписването ѝ е завършено през месец октомври 1499 г. Стенописите са дело на майстори от Костурската художествена школа, заемат площ от общо около 360 m² и са сред най-добрите образци на църковното изкуство от онова време на Балканите. От 1871 г. манастирът е под ведомството на Българската екзархия. От Освобождението (1878) до ноември 1920 г. той влиза в границите на България, след което по силата на Ньойския мирен договор (1919) е предаден на Кралството на сърби, хървати и словенци и е подчинен на Сръбската православна църква.
От Погановския манастир произхожда една двустранна икона, дарена (според получетлив гръцки надпис върху нея) от „царица (βασίλισσα) [Еле]на“ и обиковено датирана към 1396 г. От едната ѝ страна са изобразени в цял ръст Света Богородица Убежище (Καταφυγή) и св. Йоан Богослов, а на другата – Видението на пророците Йезекил и Авакум или пък „Чудото в Латом“ (Латомския манастир в Солун). През 1920 г. тази икона, иконостасът на църквата (1620) и други манастирски ценности са пренесени в България; сега те са изложени в криптата на храм-паметника „Свети Александър Невски“ в София.
Днес Погановският манастир е мъжки. Той е домакин на участниците в Международен художествен семинар „Погановски манастир“.